La storia si apre su una pittoresca e pacifica isola sperduta nell'oceano, l'Isola Primula. Secondo una secolare tradizione locale, ogni volta che un ragazzo raggiunge la maggiore età, deve indossare per un giorno la tunica verde del leggendario Eroe del Tempo, un antico guerriero che in un'epoca ormai dimenticata salvò il mondo dalle forze del male.

Quel giorno tocca al giovane Link, un ragazzo pigro ma dal cuore d'oro. Il suo compleanno, tuttavia, prende una piega drammatica. Un mostruoso uccello gigante, il Re Elmarock, sorvola l'isola inseguito dai colpi di cannone di un vascello pirata. Nella confusione, il mostro stringe tra gli artigli una ragazza, che finisce per cadere nell'intricata foresta dell'isola.

Link non esita un secondo: rimedia una spada e si addentra nei boschi per salvarla. La ragazza si rivela essere Dazel, la carismatica e sfacciata capitana di una ciurma di pirati. Ma il pericolo è tutt'altro che scampato: l'uccello gigante ritorna all'attacco e, scambiandola per la capitana, rapisce Aril, la dolcissima sorellina minore di Link, portandola via verso l'orizzonte.

Questro sarà solo l'inizio di un viaggio epico che lo porterà a scoprire i segreti di una civiltà sommersa, a fare amicizia con spiriti elementali e a brandire la leggendaria Bacchetta dei Venti (Wind Waker), uno strumento magico capace di mutare la direzione delle correnti e di piegare il vento al proprio volere.